OIC lập ra Tuyên bố Cairo về Nhân quyền trong Hồi giáo.[2] Những người ủng hộ tuyên bố rằng nó không thay thế mà bổ sung cho Tuyên ngôn Quốc tế Nhân quyền, Điều 24 viết rằng "toàn bộ quyền lợi và tự do trong Tuyên bố này lệ thuộc Shari'ah Hồi giáo" và Điều 25 ghi rằng "Shari'ah Hồi giáo là nguồn tham chiếu duy nhất để giải thích hoặc làm rõ bất kỳ điều khoản nào trong Tuyên bố này." Các nỗ lực để Tuyên ngôn được Hội đồng Nhân quyền Liên Hiệp Quốc thông qua vấp phải sự chỉ trích ngày càng tăng, do nó mâu thuẫn với Tuyên ngôn Quốc tế về Nhân quyền, trong đó có chỉ trích từ các tổ chức Hồi giáo tự do.[6] Những người chỉ trích CDHR phát biểu rằng nó là “thủ thuật và đạo đức giả,” “có ý đồ nhằm phai nhạt, nếu không phải là loại trừ hoàn toàn, các quyền dân sự và chính trị được luật pháp quốc tế bảo vệ” và các nỗ lực nhằm “phá vỡ các nguyên tắc này [về tự do và bình đẳng].”[7][8][9]

Tổ chức Theo dõi Nhân quyền cho rằng OIC “đấu tranh ngoan cường” và thành công trong Hội đồng Nhân quyền Liên Hiệp Quốc nhằm bao che cho các quốc gia trước những chỉ trích, ngoại trừ chỉ trích nhằm vào Israel. Chẳng hạn khi các chuyên gia báo cáo về các vi phạm nhân quyền trong Nội chiến Liban 2006, các quốc gia OIC kịch liệt phản đối các chuyên gia cả gan vượt ra ngoài các vi phạm của Israel để thảo luận về vi phạm của Hezbollah. OIC yêu cầu Hội đồng Nhân quyền Liên Hiệp Quốc nên làm việc mang tính hợp tác với các chính phủ lạm dụng thay vì chỉ trích họ.[10][11]

Sau khi một tờ báo Đan Mạch đăng tranh biếm họa Muhammad vào tháng 9 năm 2005, Hội nghị Thượng đỉnh Hồi giáo vào tháng 12 năm 2005 chỉ trích việc phát hành biếm họa, khiến vấn đề được phủ sóng rộng hơn trên truyền thông các quốc gia Hồi giáo. Các cuộc biểu tình bạo lực sau đó khắp thế giới Hồi giáo khiến một số người thiệt mạng.[12]

Tháng 3 năm 2012, Hội đồng Nhân quyền Liên Hiệp Quốc tổ chức phiên thảo luận đầu tiên về kỳ thị dựa trên thiên hướng tình dục và bản sắc giới tính.[13] Đại biểu của Pakistan phát biểu trước phiên họp nhân danh Tổ chức Hợp tác Hồi giáo, kịch liệt phản đối cuộc thảo luận và đặt vấn đề khái niệm thiên hướng tình dục mà ông cho rằng được sử dụng để xúc tiến "hành vi dâm loạn ... chống lại giáo lý cơ bản của các tôn giáo khác nhau, trong đó có Hồi giáo". Hầu hết các quốc gia Ả Rập và một số quốc gia châu Phi sau đó rời khỏi phiên họp.[14][15][16] Tuy vậy, các thành viên OIC là Albania, Gabon, Guinea-Bissau, và Sierra Leone đã ký kết một Tuyên bố của Liên Hiệp Quốc ủng hộ các quyền lợi của người LGBT tại Đại hội đồng.[17][18]

Năm 1999, OIC thông qua Công ước OIC về Chiến đấu với chủ nghĩa khủng bố quốc tế.[19] Điều 1 của Công ước này mô tả “bất kỳ hành động hoặc đe dọa bạo lực được tiến hành bằng vũ khí, hoặc cùng các phương tiện khác, đe dọa nhân phẩm, chiếm cứ hay chiếm đoạt tài sản công hoặc tư, hay đe dọa tính ổn định, toàn vẹn lãnh thổ, thống nhất chính trị hoặc chủ quyền của một quốc gia.” Tổ chức Theo dõi Nhân quyền cho rằng định nghĩa này là mơ hồ, có nhiều điều nằm ngoài quan niệm được chấp thuận phổ biến về khái niệm khủng bố. Tổ chức Theo dõi Nhân quyền cho rằng nó gán cho, có thể được sử dụng để gán nhãn khủng bố cho các hành động biểu thị, liên hiệp hoặc hội họp hòa bình.[20] Trong một hội nghị tại Malaysia vào tháng 4 năm 2002, các đại biểu thất bại trong việc đạt được một định nghĩa về chủ nghĩa khủng bố, song họ bác bỏ cuộc chiến đấu của người Palestine với Israel là khủng bố, chỉ trích Israel là khủng bố nhà nước.[21] Trong hội nghị bộ trưởng ngoại giao Hồi giáo thứ 34 34th Islamic Conference of Foreign Ministers (ICFM) vào tháng 5 năm 2007, các đại biểu xác định ám ảnh lo sợ Hồi giáo là "dạng tệ nhất của chủ nghĩa khủng bố".[22]

OIC chỉ trích Thái Lan về lạm dụng nhân quyền tại các tỉnh Pattani, Yala, và Narathiwat có đa số cư dân là người Hồi giáo. Ngày 18 tháng 10 năm 2005, Tổng thư ký Ihsanoglu lên tiếng quan ngại về xung đột tiếp diễn tại miền Nam Thái Lan "cướp đi sinh mạng của người dân vô tội và buộc cư dân địa phương phải di cư khỏi quê hương của họ".[23] Ấn Độ chỉ trích OIC do tổ chức đề cập các bộ phận của Kashmir là "Ấn Độ chiếm cứ".[24]Mặc dù Ấn Độ có khoảng 12% cư dân Hồi giáo toàn cầu, song quốc gia này bị Pakistan ngăn cản gia nhập OIC.[24][25][26]

Hội nghị hượng đỉnh năm 2014 của OIC tại New York kết thúc mà không thông qua được bất kỳ nghị quyết hay kết luận nào, nguyên nhân là Ai Cập, Iran và Các Tiểu vương quốc Ả Rập Thống nhất yêu cầu loại bỏ thuật ngữ "Quốc gia Síp Thổ Nhĩ Kỳ" khi ám chỉ đến Cộng hòa Thổ Nhĩ Kỳ Bắc Síp có vị thế quan sát viên trong tổ chức.[27][28][29]